Sau chiến thắng Ninh Viễn lần thứ nhất, Viên Sùng Hoán bị nhiều đồng liêu dèm pha vì việc ông chủ động hòa hoãn với Hậu Kim. Ông phải dâng sớ giải trình mục đích: "Ngoài quan ải đất hẹp người đông nên phải xây dựng sửa sang lại ba thành Cẩm Châu, Trung Tả và Đại Lãng để phòng tuyến kéo dài ngoài quan ải đến 400 dặm. Nếu như thành chưa được tu sửa xong mà quân nhà Kim đã đánh thì tất phải thua. Ta đã ở vào thế đánh thì thắng thủ thì bại. Vì thế nhân nhà Kim đánh nhau với Triều Tiên, chúng ta lấy kế hòa để tiến, hoãn binh củng cố thành trì. Khi nhà Kim đến thì chúng ta đã tu sửa tốt thành trì vùng biên để vững chắc thì nhà Kim không thể làm gì được". Tuy Minh Hy Tông đồng ý với cách lý giải của Viên Sùng Hoán, việc xì xào của triều thần cũng tạm thời lắng xuống, nhưng những nghi ngờ trong lòng họ vẫn chưa dứt hẳn.

Sau khi chiến dịch tập kích Bắc Kinh thất bại, biết Viên Sùng Hoán là một đối thủ rất nguy hiểm, là người duy nhất có khả năng gây trở ngại rất nhiều cho đế nghiệp của mình, Hoàng Thái Cực đã sử dụng dùng đòn ly gián nội bộ để diệt trừ danh tiếng và cả sinh mạng Viên Sùng Hoán.

Biết Sùng Trinh là một ông vua đa nghi, triều thần có nhiều người đố kỵ với Viên Sùng Hoán, Hoàng Thái Cực đã phao tin Viên Sùng Hoán đã có thỏa ước ngầm với Hậu Kim, dẫn đến những thuận lợi trong chiến dịch chống Kim của ông.

Quả nhiên, vua tôi nhà Minh đều trúng kế. Một số triều thần vu cáo ông là kẻ dẫn Hổ nhập quan, nhằm uy hiếp triều đình, buộc triều đình phải chấp thuận chủ trương nghị hòa với Hậu Kim của ông, và qua đó đôi bên sẽ ký hiệp ước bất bình đẳng trước sự uy hiếp của quân Hậu Kim. Một số khác vu cáo việc quân Hậu Kim vây thành Bắc Kinh lần này hoàn toàn là do Viên Sùng Hoán dẫn về. Khi quân Kim rút lui, ông lại không truy kích, giữa ông và Hoàng Thái Cực thông đồng âm mưu... Bên cạnh đó, Vương Vĩnh Quang cùng đồng đảng lại liên tiếp dâng tấu biểu vu cáo Viên Sùng Hoán cố tình giết Mao Văn Long (là viên tướng trấn giữ vùng biên giới gần với Triều Tiên) để lấy lòng nhà Kim, cấu kết và tư thông với giặc, đề nghị triều đình xử tội[10][13].

Hoàng đế Sùng Trinh là một người độc đoán lại đa nghi, sẵn bị áp lực triều chính, nội bộ và cuộc nội chiến (Lý Tự Thành), lại thêm viện binh chậm trễ, vì vậy, lập tức triệu Viên Sùng Hoán vào triều đình vấn tội, trách cứ ông tại sao đưa viện binh về quá trễ, rồi hạ lệnh bắt ông vào ngục. Tháng 8 năm 1630, sau hơn nửa năm bị giam trong ngục, Viên Sùng Hoán bị xét xử vào tội "dối vua phản quốc", tội thông đồng với quân địch với lập luận là: quân địch tự ý thoái lui chứ không phải bị Viên Sùng Hoán đánh bại, Viên Sùng Hoán cũng không đuổi theo quân địch mà đóng quân ở lại kinh thành là có ý đồ. Tội danh này phải xử cực hình: lăng trì tùng xẻo, vợ con thì bị bắt đi đày cách xa 3.000 dặm.[14]

Đau đớn nhất cho Viên Sùng Hoán là kể cả dân chúng kinh thành mà ông hết lòng bảo vệ, cũng cho rằng Viên Sùng Hoán cấu kết và dẫn đường cho giặc Kim vào xâm lược nên ai cũng hận ông đến tận xương tủy. Sau khi ông thọ hình trước cổng thành, nhiều người đã tranh giành thân xác ông như muốn ăn tươi nuốt sống để thỏa nỗi thù hận.[14]

Cái chết của Viên Sùng Hoán khiến cho quân dân rúng động, binh sĩ tiền phương chán nản và bất mãn. Quân Kim từ lúc đó ngày càng chiếm thế chủ động chiến trường. Nhà Minh đã không còn một viên tướng nào đủ tài năng và nhiệt huyết để có thể đọ sức được với Hoàng Thái Cực, đẩy lùi quân Kim. Cũng chính vì sự kiện này mà các nhà quân sự đời sau bình luận rằng nhà Minh mất nước, không mất vì giặc cướp mà mất ngay từ trong cổng ngõ, không mất ở bờ cõi mà mất ngay từ lời xàm tấu Đài quan[15].